使用神农泥碳土及草泥时,不可直接丢在底床上,因为很容易藏污纳垢,不仅很难管理,而且易造成水层混浊现象,因此需与底砂及基肥混合使用,或在底床最下方先铺一层泥碳土或草泥,上面覆盖一块适当大小的网布,然后再将底砂铺上(但失效后不好清理);或者使用透气网袋(如中药袋、丝袜)填充包裹(以免散落),直接置放于过滤器中使用,或悬挂在水族缸后壁面(比较看不见)。在使用上,似乎以后者较为理想,因为泥碳土及草泥皆有时效性,当它们的释酸作用停止时,可方便更换或补充,不过这种方式的使用期限会缩短。
神农泥碳土及草泥含有不少的纤维和腐殖酸,其溶出成分pH 6.0 ~ 6.5,因此可应用于作为水族缸的pH调降剂。使用神农泥碳土或草泥作为pH调降剂的最大好处是,pH可以温和调降,而且能较为长期稳定维持弱酸性水质,不必担心使用过量会对水质造成冲击性的pH变化。另外,腐殖酸的螯合作用,对硬水的软化也具有一些功效。这些特性对于原产于热带或亚热带地区、需要中性至弱酸性软水水质的鱼类来说,是值得使用的物质,据悉对繁殖和饲养短鲷很有作用。