使用神农泥碳土及草泥时，不可直接丢在底床上，因为很容易藏污纳垢，不仅很难管理，而且易造成水层混浊现象，因此需与底砂及基肥混合使用，或在底床最下方先铺一层泥碳土或草泥，上面覆盖一块适当大小的网布，然后再将底砂铺上（但失效后不好清理）；或者使用透气网袋（如中药袋、丝袜）填充包裹（以免散落），直接置放于过滤器中使用，或悬挂在水族缸后壁面（比较看不见）。在使用上，似乎以后者较为理想，因为泥碳土及草泥皆有时效性，当它们的释酸作用停止时，可方便更换或补充，不过这种方式的使用期限会缩短。
神农泥碳土及草泥含有不少的纤维和腐殖酸，其溶出成分pH 6.0 ~ 6.5，因此可应用于作为水族缸的pH调降剂。使用神农泥碳土或草泥作为pH调降剂的最大好处是，pH可以温和调降，而且能较为长期稳定维持弱酸性水质，不必担心使用过量会对水质造成冲击性的pH变化。另外，腐殖酸的螯合作用，对硬水的软化也具有一些功效。这些特性对于原产于热带或亚热带地区、需要中性至弱酸性软水水质的鱼类来说，是值得使用的物质，据悉对繁殖和饲养短鲷很有作用。
